《忍者神龟3：曼哈顿计划》是Konami在红白机（FC）平台开发的横版过关动作游戏，延续了系列四人合作机制，并新增了必杀技系统‌。游戏故事背景设定在纽约市，玩家可以控制达芬奇、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗四只神龟，营救被施莱德绑架的艾普里尔并解救曼哈顿‌。游戏包含12大场景，支持四人联机，画面和音乐表现达到8位机极限水准‌。

日版与美版存在显著差异，日版标题为《忍者神龟2：曼哈顿计划》，而美版命名为《忍者神龟3》‌。游戏还包含多项秘籍，如输入“右3次+B3次+A3次”可解锁全部关卡或获得10条命‌。作为FC平台末期作品，该游戏在1991年发行后获得业界认可，IGN给予8.5/10分，被誉为“将8位机性能发挥到极致”‌。